Die Mangaka Majiko! setzt die Geschichte auch als Manga-Serie um. Seit 2006 erscheint diese in Einzelkapiteln monatlich im Manga-Magazin Asuka. Der Kadokawa-Shoten-Verlag bringt diese Einzelkapitel auch in Sammelbänden heraus von denen sind sechs erhältlich. Eine englische Übersetzung erscheint bei Bandai Entertainment.
Seit 2008 erscheint im Magazin Kerokero Ace ein zweiter Manga mit dem Titel Code Geass: Hankō no Suzaku (コードギアス 反攻のスザク) von Atsuro Yomino, bisher auch in zwei Bänden. Seit Juli 2007 erscheint außerdem das Spin-off Code Geass: Nightmare of Nunnally von Tomomasa Takuma.
Außerdem erschien A Record of the Strange Tales of the Bakumatsu Era: Code Geass von Ichirō Ōkouchi im Magazin Kerokero Ace und in zwei Sammelbänden.